玉米黑条矮缩病从幼苗到结实期均能发病 。幼苗期发病 ， 开始从心叶中脉两侧中部产生透明的点线状斑点 ， 逐渐扩展到全叶 ， 以后病变起蜡白色小点 ， 有触手感觉 ， 叶色浓绿 ， 节间缩短 ， 病株明显矮化 ， 不能抽穗结实 ， 往往提早枯死 ， 在10叶期左右发病时 ， 新生的叶片浓绿 ， 叶背出现蜡白色突起条斑 ， 上部茎节缩短 ， 虽能抽穗结实 ， 但雄蕊长轴短缩 ， 雌蕊小或畸形 ， 植株后期得病症状不明显 ， 但也造成减产 ， 叶鞘和苞叶上显现的白条斑与叶片症状相同 。
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